在《Fairy gone》世界中,有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中,距离战争9年后那不稳定的政局,因战争受到伤害展开复仇的恐怖份子因此出现。
幕府时代末期,外忧外患,山川动荡。人民的生活很艰难,他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动,成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术,并改名为剑心。
故事发生在圣女斯克威尔学院之中,这是一所专门培养职业演出明星的学园,曾经,无数的偶像明星从这所学园之中冉冉升起。一年一度的少女竞技活动即将展开,为了获得比赛的胜利,少女们开始了积极的训练。