1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
学业优秀的高中二年级学生村上良太（逢坂良太 配音）是天文部唯一一名成员，童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”，但在一次事故中，少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。
昭和25年，山守组小头目三好万龟夫（菅原文太 饰）路袭敌对帮派头目，被判11年徒刑。服刑期间，随着日本经济的复苏和韩战的爆发，山守组不断壮大，而组织内部也分为山守、青木和难波三派。为壮大实力，三派先后拉拢三好，表面和谐之下暗流涌动。
