故事发生在《哥斯拉2：怪物之王》中，哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦，并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁，她开始了一场全球冒险，以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。 在直树就读的莲美台学园，有着许多可爱的女孩。温柔贤惠的保健委员藤枝保奈美（神田理江 配音）、总是用无尽的耐心包容着一切的橘千寻（一美 配音）、性格活泼开朗的御宅美少女涉横茉理（梶田夕贵 配音），在这些女孩们的帮助下，直树能否渡过难关并且找回属于自己的记忆呢？
黑帮小喽罗备后登（妻夫木聪 饰）与老大天盐幸之助（西田敏行 饰）的女人高千穗玛丽（深津惠里 饰）有染，惹来杀身之祸。为保性命，备后不得不接受寻找传奇杀手富坚的任务。
