此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导，不仅使用CG，还加入动作场面和科幻效果，制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万)，于2011年12月10日在日本全国公映。
在这里，他们不得不依靠自己的双手创造财富才能生存。性格火爆的可爱巫师惠惠（高桥李一配音），属性怪异的千金之女，黑暗（莫野爱一配音）、小偷克里斯（水洼葵彩华配音），以及经营一家小魔术道具店但没有商业头脑的Viz（Horie Yoyi配音）。佐藤以前在这个世界上没有朋友，在这里获得了宝贵的友谊。
在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。 安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子安贝等五样宝贝。渴望得到永远自由的神乐心甘情愿为其驱使，甚至向犬夜叉和琥珀发起攻击。为了阻止世界毁灭，犬夜叉一行人重新聚首，向神久夜所在的富士山进发……
