“不会捡到‘这样的东西’……。” 虽然变身成魔法少女，却对于变身后的装束泳装无论如何都没法习惯的柚华。 究竟柚华接受魔法少女的那一天会不会到来呢！？
在回家的路上，晴香差点遇到交通事故，是牧野救了她。在病床上醒来后，牧野遇到了一个自称是死神的人（佐野义孝饰演），并看到他的灵魂从他的身体里出来。死神告诉他，因为他救了本应死于交通事故的庆祥，他的命运变成了代替庆祥死去。两者生存的唯一途径就是改变清香的未来。牧野相信，只要晴香在实习期间取得优异成绩并成功加入社会，她就能改变自己的未来。因此，她依附于珍熙，全力支持晴香的实习生活。但晴香并不欣赏，而是自言自语，只想依靠自己的力量，结果成绩很差。她能成功获得会员资格吗？
卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
