FAIZ将冲破黑暗,为这个世界带来光明。一个在不久的将来发生在某个国家的故事。在那里,世界上大部分地区已经被人类的进化形式——“再生使徒”所支配。在再生使徒之城,人类的存在是不允许被人类隐藏和生活的。其中,有一个叫远田真嗣的年轻女孩。
一年夏天,一个名叫武川优希的6岁女孩来到祖父家度假,闯入了传说中充满怪物的山神森林。就在她极度担心迷路的时候,一个戴着狐狸面具的大男孩出现在她面前,带领萤火虫找到了回家的路。尽管萤火虫非常感激,但男孩禁止她触摸自己的身体。
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。