许多年后,爱德华(山田龙之介饰)成长为这个国家最年轻的钢铁炼金术师。他和他的兄弟(水石屋飞梦配音)一起找到了哲学家的石头。与此同时,神秘的人造人Raster(松由康子饰)和Enwei(本真敏雄饰)徘徊在这个国家的角落。他们的规划者的可怕活动,天空有一段时间多云。。。这部电影是根据荒川宏的原创漫画改编的。
故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生,学校不得不关闭,就在这时,九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。