游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
人才荟萃的精英学校秀智书院在该校学生会上会见了副校长石公辉业和学生会主席白银玉行。这两位天才，任何人都会认为他们是绝配，本以为他们很快就会结婚，但由于他们的自尊心很强，他们仍然无法坦白！！“如何让对方坦白”是一种罕见的智力热潮，在两个在这样的爱情心理战中耗尽智慧的人之间失控！！完全失控！！爱情让天才变成傻瓜！！“心理战”的新感觉？爱情喜剧，战争再次爆发！！
另一方面，前501部队的成员分散在全国各地，他们过着各自的生活，但随着宫藤和新黑人的辞职，他们开始再次聚集。当时，三宅和静香在欧洲面前召集了一个强大的黑人，宫藤陷入了有史以来最大的危机
