U.在C.0097年期间,“拉普拉斯事件”的争端结束后,戈达德号这两只独角兽被秘密封存,新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际,失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。黄历时代3015年,世界被两个超级大国之间的冷战撕裂,原本保护尼尔·卡米岛国的“红龙”发生政变,勃然大怒。为此,三国精英组成了一支名为“混合调查队”的部队,岛国的命运即将降临到他们身上