故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。 在由美的推荐下，信成为了SUPER GUTS中的一员，肩负起了对抗外星人保卫地球的重任。斯菲亚和岩石合体成为了拥有强大破坏力的怪兽，信和队友们和它展开了激烈的斗争，然而双方实力悬殊绝大，信陷入了岌岌可危的境地，在这千钧一发之际，信变身成为了光之巨人，战斗力陡增，瞬间结果了敌人。之后，信便以光之巨人的身份走上了伸张正义之路。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
