在这个世界中,除了人类和妖怪外,还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统,返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀,因此,一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。电影版的舞台是在梅志夫离开该部门两年后。被调到冈山县濑户的美池夫开始为这位历史上最年轻的防卫大臣的受伤负责。在调查事件背景——“宙斯盾”舰相撞事件期间,由于航行内容属于国家机密,“传宗刀”的“授权发射”无法使用。