有一天，由于一种名为“野兽”的生物的入侵，人类平静的生活结束了。当最后一个人类威廉（由新井良宏配音）从沉睡中醒来时，他发现500年过去了，威廉承载着人类延续的最后希望。在这个世界上，只有知道如何使用圣剑的怪物才能与野兽竞争。
高中三年级的夏天过去了，同学们接二连三确定了所要报考的学校。兴趣多多的樱田麻音（仪武佑子 配音）至今没有决定未来的方向，继承父母在大崎下岛经营的旅馆也在她的考虑范畴之内，不过麻音的父亲却宣称不希望将旅馆交给女儿。
刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……
