在《精灵宝可梦太阳&月亮》中，小智将前往阿罗拉地区，与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标为毕业。 在阿罗拉地区里，小智与皮卡丘将和新的宝可梦相遇，获得Z手环并学会「Z招式」。
为了分析和干扰异常现象和时空典故，他们利用一种被统称为“大秩序”的禁忌仪式，让巫师转世并送回过去，只是为了防止人类历史的中断。
留着飞机头的东方仗助拥有神秘的“替身”，这让他和他人截然不同。他通过“替身”制止了一场便利店抢劫案，结果反被连续杀人事件的制造者安杰洛——片桐安十郎（山田孝之 饰）盯上。不久后，名叫空条承太郎（伊势谷友介 饰）的男子来到杜王町，东方由此知道了自己的身世。与此同时，名叫虹村形兆（冈田将生 饰）且拥有替身能力的男人露出了他的爪牙，一场大战在所难免…… 本片根据荒木飞吕彦的同名漫画改编。
