吉恩因为一件小事成为了摄影师斯蒂芬的学徒，他对来自同一个家庭的女儿玛丽产生了感情。随后，为了不重蹈斯蒂芬的妻子多尼斯在房子里上吊自杀的覆辙，玛丽和她的爱人准备逃离房子
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
地下采掘不出化石燃料的克鲁森大陆。居住在这里的人们，从出生起就拥有着石英授予的能力——“魔力”！而故事的主人公莱卡特却是生活在这个世界里稀有的“没有魔力”的异类。某一日，莱卡特受到士官学 校的亲友现国王赫兹尔的召唤来到王都。
