…我没有名字。里面都是空的。你叫什么名字?”“我叫志崎疯狂三。“失忆的女孩“Kongo”在所谓的邻国醒来,遇到了志崎疯狂三人。她跟随疯狂三人来到一所学校,那里聚集了一群被称为准精灵的女孩。十个年轻女孩聚集在一起互相对抗,还有来自校外的空女。
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来,已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球, 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。
2112年夏天,冲绳县被任命为刑事事务局局长。第15联合任务部队杉谷哲平作为一名出色的飞行员参与了此次军事行动。三个月后,一架手无寸铁的武装无人机袭击了东京防卫省。