命运中的相遇出现了,小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是,这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi(由加藤英美配音),并提出了一个特殊的要求,希望小圆能与它签约,成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在,肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励,丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中,小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽,而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级,关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。
在暑假将至的某天,胜平通过谜之少女园崎 法子的指点,获悉自己已被选为了疼痛共享的系统“羁绊者”中的一员。园崎说过:“这是一个为了将充满纷争的世界,导向和平的实验。”于是,背负着彼此疼痛的少年少女们,开始了这个夏天的故事!