Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
在日本江户时代，水马龙吉原吉川（Yoshihara Yoshikawa）与艺妓熙熙攘攘。商人和亿万富翁花钱如粪土，只是为了赢得美女浅浅的微笑。只有八岁的时候，这个小女孩来到了吉原裕居，取名为清正。
牡丹有一个好朋友叫小任（侯腾麻衣配音），两人关系十分亲密。小任的性格与牡丹完全相反，是一个厚而自然的傻子。就是这样，他们两个就阴差阳错地获得了入学资格。在学校里，他们遇到了一个陌生的女孩，名叫小翁（石破蓝裕美配音）。小翁头上戴着一枚神秘的天使戒指，小翁制作的被称为“天使蛋”的甜点彻底改变了两个女孩的命运。
