在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」,第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」,这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」,所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。
游戏结束后,大伙步行到雏见泽村郊外的谷河内。园崎魅音说起她幼年时有一回和伙伴们到采石场附近玩捉迷藏,不久即被一位突然出现的大叔催赶回家,后来伙伴A行踪不明,A的父亲驱车前往谷河内寻找,不料在回程的途中2人的汽车翻落山崖。有传言说他们是因为吸入了从连通地狱的洞穴渗漏出来的瘴气而中毒……
当明日花成为宿舍经理时,故事开始发生巨大变化。这里有一个宿舍,一群男孩住在一起,此外,曾支持过他的梦想的前学生Sashin Tan担任队长。被队长前进的姿态所打动,这朵花在忙于做饭、打扫卫生和洗衣的同时,重新找回了教学时的热情,并全力以赴地面对她的成员。