《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体,它们有着人类无法理解的高智慧。 特别是其中一条最大的白鲸,它永远在伫列中保护同伴。 鲸鱼每年回游是来为同伴送葬,他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。
在遥远的未来,一个名为“伊甸园”的城市数千年来一直没有人类,这里只存在机器人。人类女婴莎拉从沉睡中醒来,颠覆了当代所有的真相。E92和A37机器人暂时居住在伊甸园外的一个安全避难所,养育着这个本应只存在于古代神话中的人类孩子。