2025年,从毁灭性的恐怖袭击导致的2020年东京奥运会终止开始,联合国控制了之前东京奥运会在东京湾边界的会址地区,并使之脱离了日本的管制。 17岁的冬月花是住在这片地区的一名高中生,但她的身份绝非普通,暗地里,她是联合国特殊部队的一员。花以一名转学生的身份被派往江之岛上的一所公立高中执行特殊任务。 她的目标是,七濑俊一,一个和她在一个班上的男生。 然而正当花准备与她的目标联系时,一个中年男子突然出现在学校并寻找俊一。与此同时情况直转而下,美国派出了特种部队到了这所学校来追捕那名中年男子。 当血滩扩散开来之时,另一名少女开始设法进入这个岛来打破现在的僵局。
打电话的是佑作学生时代的好友,两人已经很多年没有联络了。好友告诉佑作,学生时代一直喜欢着佑作的女孩雪子(须藤温子 饰)如今身患不治之症,时日无多了,好友希望佑作能够在雪子临死之前去探望她,了却她的心愿。就这样,佑作乘上了返回老家的火车,仔细算一算,他离开家乡已经28年之久了,此时的佑作并不知道,这趟返乡之旅将会改变他的命运。
《银魂》的最后一章即将上演。坂田银实(杉田纪和配音)在电影院抓到了一个偷电影的小偷,但在耀眼的白光之后,他被带到了一个有点陌生的世界。在离江户不远的地方,繁华的过去已经不复存在,高层建筑已经成为无人居住的废墟。