拥有特殊诅咒血统的家族的未来幸存者,即“世界的世界”,他击败了游荡在这个世界上的异形事物的“有木”,以及栗山的未来。而且,正是“Kawaii”接受了人与yomoku之间的生活,而kanbara明仁则因为稀缺而生活并感到孤独。当天放学后,两个人发生了很大的变化,因为未来和那个似乎从学校屋顶跳下的秋天的人现在相遇了。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?