世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还，江户幕府濒临解体，幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组，在经历油小路事件后遭受重创，即使如此仍然决定向庆喜效忠。
眨眼间八年过去了，此时的薛奎已经成为一位知名作家，达到了职业生涯的顶峰，前途光明。然而，在这个关键时刻，他患上了无法治愈的眼病，视力一天比一天差。一天，一个叫石晶的女人搬进了雪葵的隔壁。石井对学魁很好，在生活中对他一丝不苟。随着时间的推移，薛奎觉得自己再也离不开石井了。然而，眼睛看不见的薛奎却不知道石晶的真实身份是被他抛弃的德一。
