富士在城里看到了一家热带鱼店，那里住着一家三口。一家之主Shinsuke（Mitsuru Fukikoshi饰）在妻子去世后不久嫁给了Meijiko。这让他的女儿Mizuko非常不满。因此，家里的气氛总是压抑而庄重。
尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
故事发生在风景如画的乡村城市流川，住在那里的乌佐美奈子（伊藤美莱配音）是一名普通的女高中生。该市新建的游泳池即将完工并开业，Nanako和朋友们可以尽快一起去玩了。奈子想要一件新的泳衣，但价格很贵。
