在一次事故中,一个名叫永仓浩(Hataka Nakayo配音)的男孩出乎意料地接住了巧聘全力扔下的球。两人的相遇使命运的齿轮开始转动。乔和郝都加入了新田东高中的棒球系,在那里他们遇到了许多志同道合的朋友——沉默寡言的队长Hayashi Ichiro(由梅原裕一郎配音)、温柔体贴的泽口武(由村濑武配音)、自信的吉信茂(由斋藤聪配音)和不苟言笑的永司展(由森间秀夫配音)。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。