“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
鹈野涡芽(大桥彩香 配音)是一名平凡的十五岁少女,一天,涡芽搭乘电车外出,在车上遇见了一个怪人,整个人不由分说的塞给了涡芽一叠名为“Fantasista Doll”的卡片。
露西亚,来自北太平洋的美人鱼公主,登陆寻找她七年前由海中拯救的男孩,当时这位男孩溺水了,她用粉红色的真珠救了他一命,并且把她最珍贵的粉红色珍珠交给那位男孩。