在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
可是，矢的猛的一己之力实在微薄，怪兽克莱圣特重现人间，给地球带来了重大危机，UGM得知此事，派出了爱迪奥特曼来到地球惩奸除恶。在大山一树（中山仁 饰）和伊藤顺吉（大门正明 饰）的邀请之下，矢的猛加入了他们的队伍，展开了和克莱圣特的殊死搏斗。面对格外强大的敌人，矢的猛是否能够凭借自己的智慧和勇气，获得最终的胜利，保卫地球的和平呢？
“两年后回来”的承诺，被前一部作品转移到了福岛，成为了故事的轴心。虽然直子知道这个承诺是一个谎言，但他一直在等待并相信。就在5年前，还有一个略有不同的第五年暑假。
