本作以现代日本为舞台,描述了一群穿梭于历史的阴影之中的神秘群体——封刃师。这世间的邪气,会寻找人们的怨恨、妒忌、愤怒,并与其一起相互交织而形成可怕的秽刃,杀人于无形,被害者只会化为常人无法看到的灰烬飘散而去。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。