在参拜母亲坟墓的回程中，真嗣（绪方惠美配音）和川上隆（宫村洋子配音）遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻，第二架飞机被强大的力量击败，真嗣也遇到了第二架机器的操作员Shibo Akira Langley（由宫村洋子配音）。它讲述了一对父女被命运捉弄，25年来无法再见面的故事。仓克饰演的Sakuyue设法找到了她的父亲Ryo，但Ryo已经改名并组建了一个新的家庭。在解开所有谜团的钥匙后，有机会解开20年前被黑暗笼罩的“特定事件”的真相。
