故事发生在志城南中学。桂木真吉(花江夏树配音)是一名刚转学到这里学习的学生。他从小就过着依赖母亲的生活,性格有些内向。然而,在现实中,真嗣是一个非常细腻和体贴的男孩。
問題學生山田龍因為意外與優等生白石麗接吻, 導致兩人的身分對調! 陸續發生問題、充滿快樂、由接吻拉開序幕的校園愛情喜劇,開課了!
三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。