而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人,都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人,使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W,决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么?假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么?隐含着众多谜题,假面骑士W的战斗拉开帷幕……
为此,火星政府悬赏3亿元人民币捉拿恐怖分子。目睹了这一事件的费伊独自行动,试图垄断赏金。Ed使用黑客技术寻找线索,并与Bebop上的每个人合作。四人一狗的组合再次部署,但他们不知道这3亿元的成本是为了对抗前所未有的强大罪犯。