该剧围绕着伊豆氏次子北条的故事展开，北条在镰仓幕府第二代时期成为日本的实际统治者北条义市。该剧以镰仓幕府建立的十三人合议制命名。
然而，由于贵族之间的复杂考虑，从子和智典殿下进行了家庭婚姻。直到这时，青仙才意识到他对聪子的爱是无法自拔的。通过各种手段，两人得以偷偷偷走对方，但正是这样的行为导致这对夫妇陷入了绝望和痛苦的爱情，无法自拔。在对方的未婚妻聪子怀孕后，真相无法隐藏，他们走向了爱情的终点。
故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
