当他认为崭新的校园将继续和平的日子时,一个名叫Yoshinosu(佐佐仓雅子配音)的女孩出现在了他的面前。奈绪也是一个超级能力载体,可以对特定的人隐身。此外,可以移动传送的高木真弘(水岛大洲配音),以及校园偶像黑宇优坂(内田真司配音),他们可以吸引他死去的妹妹黑宇美纱(内田真司配音)的灵魂。当这些年轻女孩在未知力量的牵引下走到一起时,命运的车轮开始转动。
在被奇迹般的现象石化了数千年之后,整个人类——一个拥有超人头脑的自然科学青年,千空,觉醒了。在文明被摧毁的石头世界,千空决定用科学的力量来恢复整个世界。