喜欢神秘事物的东树自然很快乐，但科罗的脑海里充满了入侵地球的事情。他们在那里发现了废墟，因为迷路了，但后来由于意外情况不得不逃离那里。但就在这时，东树看到一个女孩在一瞬间迷失了方向。抱着女孩的神秘感，东树和科若罗回到了东京。但就在这时，最强大的敌人出现在他们面前。它看起来和KERORO一样，但与KERORO不同的是，他想迅速彻底地计划入侵地球的黑暗KERORO。他率领部下CIBABA、DORURURU和MIRURU在世界各国发动侵略行动。与这一切作斗争的科罗队的命运是什么
某天，他突然被任命为24世纪的组织·时空管理局的队员，并得知了惊人的事实：实际上教科书上记载的历史全部都是虚假，在过去沉睡着比教科书更加有趣的真实历史“真历史”。比如，被称为绝世美女的埃及艳后实际上是名叫克莱夫和帕特拉的相声演员，正义的伙伴桃太郎实际上是比鬼还要像鬼的男人……时夫与队员可怜一同驱使着24台时间飞船前去探索真历史，这24台时间飞船能够通过变身或合体发挥出超常的力量。而阻挡在时夫等人面前的则是时间飞船系列中为人熟知的反派，这一作的反派名叫比玛乔、兹布亚基、铃木，是被世界最大的教科书公司“History Paradise”雇佣来守护遵循教科书的历史的。究竟即将揭晓的历史会是怎样的“真历史”呢？
