当初田中搬家到了长崎，此番重逢后不仅将姓改成了马渕，性格似乎也发生巨大的变化。以班级活动为契机，双叶、马渕、马渕的好友小凑亚耶（吉泽亮 饰）、特立独行的高冷女村尾修子（新川优爱 饰）以及因过于可爱而遭到孤立的槙田悠里（藤本泉 饰）聚到了一起。原本他们的情感便彼此交错，而隔壁班的天才帅哥菊池冬马（千叶雄大 饰）、教师田中阳一（小柳友 饰）以及马渕在长崎的旧友成海唯（高畑充希 饰）又让男孩女孩们的关系更为复杂，于是平添了无数的烦恼…… 本片根据漫画家咲坂伊绪的同名原作改编。
万圣节前夕，东京的涩谷热闹非凡。涩谷HIKARIE大楼正在举行婚礼，穿着婚纱的是警察局的佐藤警官。当柯南和其他客人正在目睹婚礼时，一群暴民突然冲向佐藤！高木为了保护佐藤而受伤，但幸运的是他的生命得到了缓解。
在一列从东京开往大阪的特快列车上，坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝，随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母，这也引起了怪盗基德的注意。
