在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美 配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉 配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉 配音）紧追不舍，定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下，一切丑恶到了决断的时刻…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中最后一部（前两部分别为“压缩”和“燃烧”）。
3天前，在京都市内发生了一起奇怪的事件，在死者咖啡店老板武村勇介的遗体上，发现了3个汉字连在一起的红色墨水写下的“男”字。奇怪的是，5年前在东京都内也有两名IT界人士相继被杀，在各自的现场留下了“虫”和“品”的红色墨水文字，至今仍是未解决的案件。 在事件现场留下的，朋和理沙注意到了现场留下的都是三个汉字连在一起的“品”形文字。她们认为很有可能是凶犯时隔五年再次犯案。尽管这一猜想被上司否定，朋和理沙仍然没有放弃，继续寻找着时间的真相。 就在这个时候，她们得知了被杀的武村在4,5年前曾就职于最大的软件公司这一线索。而且，武村被杀的两天前，与该软件公司的社长有过会面。为了进一步搜寻线索，朋和同事一起前往该软件公司，却不料吃了闭门羹。 就在此时，东京都内竟然又发生了新的杀人事件。看到留在现场的红色墨水的“品”形文字，理沙立刻改变了眼神，洞察出了事件的不简单...
