主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。刑警万慕平(当时的三郎)不仅是朝彦的父亲,也是他的工作伙伴,通过尸体解剖和调查案件,以查明案件真相,挽救活着的人们的心。