大约三百年前的元禄十五年（1702年），第五代将军网吉实行安民政策，百姓生活平稳。年轻的武士青木宗左卫门（冈田准一饰）为了寻找杀父仇人金泽十兵卫（浅野忠信饰）远离家乡，从信州来到了江户。但他剑术差矣，实际上根本无法完成报仇。
那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！
