前身为男校的星华高中,学生会长美咲为了保护女学生,天天和旁若无人的男学生们战斗。然而,身为学生会长的她,却有个不为人知的秘密,那就是在女仆咖啡馆打工!而这个不为人知的秘密,却在某天被学校的模范生碓冰发现了。
在四百年后的未来,曾经的蓝色地球被黄沙覆盖,自然环境极其恶劣。伴随着它,古老的人类文明枯萎了,绝大多数幸存者搬到了地球附近的外太空,并在一个名为Diva的设施中定居。
故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。