1867年德川幕府被迫奉還三百年來的政權，推開這維新大門的志士坂本龍馬在新時代來臨前就被暗殺，關於他猝死的傳言甚囂塵上，至今仍是謎團……遺孀阿涼在他死後改嫁給江湖藝人松兵衛，之後又傳出勾搭上與坂本龍馬長相神似的虎藏，國家英雄的未亡人沉迷於酒色的流言傳遍全城，政府於是派遣坂本龍馬以前的手下覺兵衛去調查她的行為與動機。其實表面看似放蕩的阿涼，心底卻始終念念不忘遇刺身亡的丈夫……
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
有一天，火冶初级中学一年级的种植和耕种者突然获得了“把他认为是垃圾的东西变成树”的能力。他被另一个天体小林老师授予了这种能力。100名上帝候选人被授予每个被选中的高中生不同的能力，让他们能够战斗。
