在格林希尔镇安定下来后,索尼奇渴望证明自己有能力成为一名真正的英雄。当Egghead博士带着他的新伙伴Nacruz回来寻找一种可以摧毁人类文明的强大玉石时,他面临着另一个严峻的考验。
此时,皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕,并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪,新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战,将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助,怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念,以副长·土方岁三小姓的身份,与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起,准备共同迎来身为新撰组一员的命运,但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们,为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
一百年后,人类与外部世界的隔离墙。在墙的另一边,似乎有一个前所未有的世界在延伸。火焰之水、冰之地、白雪皑皑的沙地都写在书中,激励着年轻人去探索。随着时间的流逝,城墙被巨人摧毁,人类正在逐渐接近世界的真相。