自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女,这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中,超能力已经可以通过科学技术创造出来,但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。
E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。
东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子,脑外科值班医生南方仁(大泽隆夫 饰)为其顺利完成手术,手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷,再次醒来后发现自己已身处一片树林之中,有盘头武士在厮杀。