当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
昆汀是一个很有前途的演员，但由于女友的意外死亡，他变得沮丧和颓废。昆汀的艺术气质吸引了尼娜的注意，两人很快坠入爱河。然而，昆汀在死亡的道路上越走越远，最终选择了自杀，并像他的前女友一样死在了方向盘下。之后，痛苦的尼娜向暗恋她的保罗寻求温暖。然而，尼娜对保罗的感情并不是爱，这让保罗感到非常痛苦。尼娜决定出演戏剧《罗密欧与朱丽叶》，这是昆汀当年表演的最后一部戏剧。
然而，在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华（罗米·帕克配音）和阿方斯（奈宫丽姬配音）兄弟，由于对母亲的极度思念，不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切，为了恢复并寻求更多的炼金术知识，他们成为了国家炼金术师，并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索，兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相，对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
