《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起,以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物,红世之徒,戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说,故事会对第一季的一些伏笔作出解释,并加入不少这个时代的小故事。
四名少年曾经在春天相遇,之后便共同度过了许多个春天,今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始,冢原要强迫佑希参加学校的社团,运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后,个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上,原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此,五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。
然而,这样的乡土气息不应该透露给在校的学生!一天,一个耳朵上有洞的纹身男子敲了惠子家的门。惠子穿着家庭制服去看望他们。令她惊讶的是,她面前的潮人是宫村一郎(Nayama Aohui配音),他通常在课堂上被评为宅男。起初,宫村和惠子过着秘密的双重生活。以弟弟为契机,宫村开始频繁拜访惠子一家。两人用真实的面孔面对面,彼此之间的距离逐渐缩短。