Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
事实证明，死者和悟子正在调查一起黑社会恐吓事件，各种迹象表明，这起雨夜车祸背后隐藏着一个不为人知的秘密。坚持不懈的九里生和他的同伴前往现场调查，但最终与诺伊斯特里亚公国大使馆发生了关系。由于大使馆的域外管辖权，日本检察系统无法获得对方的合作。事后，酒立生等人相继面临死亡威胁，诸多质疑无法打消这个顽固不化的人调查真相的欲望。他和他的同伴勇敢地沿着布满荆棘的小路前进
幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙，以防止巨人的入侵，并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而，作为“和平”的代价，人类已经失去了走出围墙的“自由”，像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣，但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同，他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年，当人们已经安逸了100年的时候，艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”，以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了，巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。
