命运中的相遇出现了，小圆在路边救了一只浑身是伤的奇怪动物。出乎意料的是，这种动物会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫Chubi（由加藤英美配音），并提出了一个特殊的要求，希望小圆能与它签约，成为一个神奇的女孩。魔法女孩在这个世界上是一种特殊的存在，肩负着与女巫斗争的使命。作为奖励，丘比可以实现他们的任何愿望。在战斗中，小圆发现魔法少女的职业并不像故事中描述的那样美丽，而且随时都有牺牲的可能。随着战斗的升级，关于她自己的残酷真相逐渐浮出水面。
在一个炎热的夏日，一对夫妇在东京八王子郊区的一个社区被残忍杀害。之后，凶手用鲜血在墙上写下了“愤怒”的大字，然后逃离，消失了一年。在此期间，三名身份不明的男子与周围的人会面。
故事发生在一个叫伊奥鲁夫的城市，在那里出生的人有无限的寿命，但他们的外表将固定在15岁。玛西娅（石川配音）就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫女孩。一天，为了夺取永生之血，梅萨蒂军队乘坐一只古老的神兽对伊奥鲁夫发动了空袭，造成了重大损失。
