人类文明已经结束很久了，人类文明已经达到了繁荣和辉煌的顶峰。人类几乎灭绝，甚至生物也在消失，迎来了世界末日。复杂的城市化变成了废墟的迷宫，毫无准备的机械逐渐停止了运转。
2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……
