自从五年前成功篡位以来，加藤（三浦义弘饰演）在石原慎太郎（加濑龙饰）的协助下，带领山琴会崛起，成为关东地区最大的暴力团体。他们主要以经济利益为导向，并逐渐将触角伸向政治世界，创造了一个无限繁荣的时代。
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
大野和彬山是一对好朋友，他们虽然总是抄袭作业欺负同学，可他们参加劳动时非常能干，学校有活动配合的也很默契。学校要开运动会，小丸子和上六年级的姐姐樱杏子(水谷优子 配音)都要参加，在运动会开始时爸爸樱宏志（屋良有作 配音）妈妈小林堇（一龙斋贞友 配音）也来给她们加油，小丸子参加的借物竟赛时多亏大野和杉山的帮助取得了第二名。男生骑马打仗比赛，因大野没发挥好以至最后输了比赛，大野和彬山这对最要好的朋友因此友谊出现了裂痕。赌气不说话的两人，转眼来到了平安夜的合唱比赛。一场大野的危机即将降临，这是否是二人关系的转捩点呢？
