1945年的夏天,二次世界大战的阴影从地球上空褪去。远在北方的色丹岛无法独占宁静,炮火轰炸过后不久,苏联人的战舰军队到来,令日本岛民们不知是吉是凶。悲伤的爱德华和阿方斯兄弟试图用炼金术的最大禁忌——人体炼金术来拯救他们死去的母亲,但他们遭受了巨大的灾难。阿尔方斯失去了自己的身体,他的灵魂被盔甲囚禁,而爱德华则以右臂和左脚为代价,迫使他的弟弟停在黑社会的门口。