以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞,将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴,继续航行。这时,在他们身边,巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船,得救了。故事发生在《哥斯拉2:怪物之王》中,哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦,并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁,她开始了一场全球冒险,以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。