他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。 这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作为前辈，空（矢岛晶子 配音）、光（折笠富美子 配音）和砾（野田顺子 配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？
然而，医生仍然无法接受失去孩子的痛苦，也无法正确治疗阿童木，因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者，也被各地的军队通缉，最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量，并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻，天马医生突然醒来，协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截，阿童木奋起反抗，最终，一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中，阿童木逐渐长大，他也接受了自己将机械与人类结合的设计，肩负起了全人类生存的责任。
